Akademik Veri Yönetim Sistemi
Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, 2022 - 2023
Biyofilmler bakterilerin bir yüzeye veya birbirlerine tutunarak ürettikleri EPS nin yardımı ile oluşturdukları topluluklardır. Biyofilmlerin oluşumunda temel rol oynayan genler ortaya konulmuş olsa da porin aracılı moleküler mekanizma henüz çözülememiştir. Daha önceki çalışmamızda LamB porininin biyofilm ile ilişkisini tespit etmiştik. pH 7 ve 7.5 de lamB mutantlarının biyofilm oluşturduğu ancak pH 6 da biyofilm oluşturmadığı belirlenmiştir. Bu çalışmada, lamB mutant olduğunda pH bağımlı olarak biyofilm oluşumunun nasıl bir moleküler mekanizma ve gen düzenlemesi ile gerçekleştiği araştırılmıştır. Bu amaç doğrultusunda lamB mutantının ve yabani tip E. coli W3110’un pH 6 ve 7 değerlerinde 24 saat inkübasyonundan sonra RNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. Biyofilm oluşumuyla birlikte, csrA, rcsB, sdiA, qseB, qseC, pgaC ve csgD genlerindeki ekspresyon değişimleri gerçek zamanlı PZR ile incelenmiştir. Sonrasında, yedi genin gerçek zamanlı PZR sonuçlarını her iki pH değerinde de değerlendirerek biyofilm oluşumunun nasıl bir şekilde düzenlendiği değerlendirilmiştir. Biyofilm oluşumunda artışlara sebebiyet veren (csrA miktarının azlığı, rcsB miktarının azlığı, sdiA miktarının fazla olması, pgaC miktarının fazla olması ve csgD miktarının fazla olması) birçok faktörün pH 6 değerinde de gözlemlenmesine rağmen biyofilm oluşumunun bu pH değerinde görülmemesi, pH 6 değerindeki yüksek qseBC seviyesine atfedilmektedir. QseBC miktarının fazla olmasının pH 6 seviyesinde biyofilm oluşumunu baskıladığı, pH 7 seviyesinde ise miktarının az olmasının biyofilm oluşumunun artmasına neden olduğu düşünülmektedir.
Anahtar Kelimeler: Escherichia coli, Maltoporin, Biyofilm