Sürme hastalığı etmeni (Tilletia foetida)'nin genotipik ve fenotipik karakterizasyonu

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi, FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ, MOLEKÜLER BİYOLOJİ VE GENETİK ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2015

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: AHMET UMAY

Danışman: İSMAİL POYRAZ

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Sürme, Türkiye ve dünyada yaygın olarak görülen ve önemli verim kayıplarına neden olan bir buğday hastalığıdır. Ülkemizde bu hastalığa başlıca iki mantar türü Tilletia foetida ve Tilletia caries neden olmaktadır. Hastalık etmeninin fungusit kullanımı ve çevresel faktörlere bağlı olarak zamanla direnç kazandığı rapor edilmiştir. Bu çalışmada, hastalık etmeni T. foetida'nın ISSR-PCR yöntemi ile genetik çeşitliğini belirlemek amacıyla, 13 T. foetida ve dış grup olarak 1 T. caries izolatından klasik CTAB yöntemiyle DNA izolasyonları gerçekleştirilmiştir. İzole edilen DNA'lar 25 farklı ISSR primeri kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır. PCR ile çoğaltılan DNA parçaları % 1.2'lik agaroz jelde yürütülmüş ve digital olarak fotoğraflanmıştır. PCR ürünlerinin bant analizi Phoretix1DPro programı ile gerçekleştirilmiş, binary yöntemiyle elde edilen veriler kullanılarak UPGMA metoduyla Jaccard Benzerlik Matrix'i elde edilmiş ve sürme izolatları arasındaki genetik yakınlık ve uzaklığı gösteren filogenetik ağaç oluşturulmuştur. İzolatların yüksek genetik çeşitliliğe sahip oldukları, T. foetida'ya ait yakın lokalitelerin birlikte gruplaştığı ve T. caries'in dış grup olarak ayrıldığı görülmüştür. İzolatların filogenetik analiz verileri, sürme hastalığına karşı direnç geni içermeyen hassas Heines VII buğday çeşidine karşı patojenite oranları ile karşılaştırılmıştır. Çalışmada kullanılan 25 ISSR primerinden 847 ve 861 numaralı primerlerin türe özgü monomorfik bantlar verdiği belirlenmiş ve bulaşık buğday tohumlarının ekim öncesi tespit edilmesinde bir marker olarak kullanılabilecekleri görülmüştür. İzolatların taramalı elektron mikroskobu (SEM) analizleri gerçekleştirilmiş, elde edilen fenotipik karakterli morfolojik analiz verileri ile moleküler yöntemle genotipik karakterli analiz verileri ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca, T. foetida izole edilen mRNA'lar revers transkripsiyonla cDNA'lara dönüştürülmüş ve PGEM-T Easy plazmit vektörlerine aktarılmıştır. cDNA'ları içeren rekombinant plazmit vektörler XLI-Blue konakçısına transforme edilmiş ve fenotipik karakterizasyon araştırmalarında kullanılması için T. foetida patojenine ait ilk kez bir cDNA kütüphanesi oluşturulmuştur.