Fasulye Yetiştirilen Farklı Toprak Örneklerinde Viral Çeşitliliğin Araştırılması Ve Bakteriyel Fasulye Hastalıklarına Karşı Potansiyel Bakteriyofajların Tanımlanması

---

Tezin Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Bilecik Şeyh Edebali Üniversitesi, LİSANSÜSTÜ EĞİTİM ENSTİTÜSÜ, BİYOTEKNOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye

Tezin Onay Tarihi: 2025

Tezin Dili: Türkçe

Öğrenci: BURCU ÖZMEN

Danışman: İsmail Poyraz

Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu

Özet:

Fasulye (Phaseolus vulgaris), tüm dünyada yaygın tüketilen önemli bir besin kaynağıdır. Ülkemizde de bakliyatlar arasında en fazla tercih edilen tarım ürünüdür. Tüm bitkilerde olduğu gibi fasulye üretiminde de farklı toprak, iklim ve çevre koşullarının etkisi önemlidir. Tarım ürünlerinin ortak sorunlarından biri olan bitki hastalıkları, üretimde ciddi kayıplara neden oldukları için hem ekonomik hem de sağlık açısından potansiyel bir tehdit olarak görülmektedirler. Bu hastalıklar içinde viral, bakteriyel ve fungal kökenli hastalıklar önde gelir. Toprakların farklı içerik ve yapılarına göre farklı viral çeşitliliğe sahip olduğu bilinmektedir. Bu çeşitlilik patojen virüsleri içerebildiği gibi, hastalıklara karşı mücadelede kullanılabilecek potansiyel bakteriyofajları da içerebilmektedir. Bu çalışmada, öncelikli olarak fasulye tarımı yapılan farklı bölgelere ait toprak örneklerindeki DNA ve RNA viral çeşitliliğin araştırılması amaçlanmıştır. Viral çeşitlilik potansiyelinin belirlenmesinin yanında, ülkemizde yaygın olarak görülen bakteriyel kökenli adi yaprak yanıklığı (Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli) ve hale yanıklığı (Pseudomonas syringae pv. phaseolicola) hastalıklarına karşı potansiyel bakteriyofaj varlığının araştırılması hedeflenmiştir. Farklı coğrafi bölgelerdeki 44 lokasyondan 50 toprak örneği, 0.22 µm çaplı mikropor filtrelerden geçirilmiştir. Universal primerler kullanılarak PZR (polimeraz zincir reaksiyonu) yöntemiyle amplifiye edilen viral DNA ve RNA örnekleri agaroz jelde yürütülerek fotoğraflanmıştır. Örnekler, patojen virüsleri tanımlayan PZR markörleri ile de test edilmiştir. PZR bant sonuçları Phoretix1D programı ile analiz edilmiş, elde edilen binary data'dan UPGMA yöntemiyle Jaccard benzerlik ve mesafe analizi yapılmıştır. Viral çeşitlilik ağacı MEGA 11.0 yazılımı ile oluşturulmuş ve GeneAlex programı ile PCoA (Principal Coordinates Analysis) ve BAPT (Band Pattern Across Population) verisi elde edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, fasulye tarımı yapılan topraklardaki DNA ve RNA virüs çeşitliliğinin yüksek oranda polimorfizm ve potansiyele sahip olduğunu göstermiştir. Filtre örneklerinde potansiyel bakteriyofaj taraması yapılmış ve bakteri üremesini azalttığı tespit edilen örnekler için TEM (Transmission Electron Microscope) analizi yapılmıştır. Boyut ve morfolojileri farklı olası dört bakteriyofaj tespit edilmiş olmasına rağmen genom analizi olmadan herhangi bir tür tayini yapılmamıştır.